专栏名称: 生信修炼手册
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你没看错,搞定GWAS meta分析只需一行代码!

生信修炼手册  · 公众号  ·  · 2019-10-22 19:35
欢迎关注”生信修炼手册”!METAL是gwas meta分析最常用的工具之一,官网如下https://genome.sph.umich.edu/wiki/METAL该软件的安装非常简单,直接下载编译好的二进制文件即可,安装过程如下wget http://csg.sph.umich.edu/abecasis/metal/download/Linux-metal.tar.gztar xzvf Linux-metal.tar.gzcd generic-metal/在安装目录,有一个名为metal的可执行文件,该程序用法很简单,只需要编写一个配置文件,然后执行即可,所以关键在于配置文件的编写。在软件的安装目录,有一个名为example的文件夹,提供了两个示例,其中的metal.txt就是配置文件。meta-analysis是对多个gwas分析结果进行综合评价,该软件支持以下两种meta分析的算法pvaluestandard error第一种是基于p值;第二种是基于标准误,我们知道标准误指的是某个统计量 ………………………………

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