宏基因组测序分析（十四） 分箱结果评估

分箱结果可以使用 checkM 检查完整性和污染度。checkM基于数据库中构建好的单拷贝基因集和进化树，将bin定位到进化树中找到参考物种，基于谱系特异的marker gene(单拷贝)，进行完整性和污染度进行评估。数据准备：上一步的分箱结果参考脚本# 运行checkMcheckm lineage_wf \--threads 5 \ # 线程--tmpdir ./ \ # tmp目录路径--extension fa \ # 序列文件后缀bins \ # 输入，分箱结果目录checkm \ # 输出目录> checkM.sh.log 2>&1 # 存储日志分箱结果去冗余计算资源充足的情况下，可以将所有测序数据一起进行组装，然后分箱。但实际操作中，由于内存限制，一般会分样品或者将生物学重复放在一起进行拼接。这样就会存在多个组装和分箱结果，需要对其中重复的 bin去冗余。这个操作可以使用 dRep 实现。# 将所有分箱fasta文件存放在bin目录下# 运行dRep去冗余dereplicate  ………………………………