如果土地足够肥沃的话，最好是在一开始的时候就把所有的树木和植物都引入到生命系统中来，为什么呢？因为随着树木的成熟，新物种的种植就会变得困难，通常情况下，有个两年的时间可以增加新的树木，过了这个时间就需要进行大量的修剪来引进新的树木了。但是如果可能的话，最好一开始就种植所有的树木和植物。
此外，最好是通过种子大量种植树木，然后随着树木的成熟，将较弱的树木移除，直到达到合适的株距。与在苗圃中培育苗木相比，种子是有优势的，因为种子培育所需的工作量较少，而且种子更便宜，并且允许更多的遗传多样性。另外，通过采用种子，农民可以让生物系统决定在哪个地方种植哪些物种会长得最好。
不过，也有一些例外，有些树不能通过种子来种植（例如面包果），而有些果树也不能通过种子来培育出同样的果实（芒果、鳄梨等），必须要进行嫁接才行，有些品种的树嫁接后长得很好，可能比从种子开始更容易在农场里种植生长，还有的种子必须在采摘后立即播种，如果农场系统还没有准备好接受这些种子，那么这些种子就需要提前开始播种。例如，在海地的部分地区，可可豆种子在旱季成熟，收获后的种子最好能立即发芽，在这种情况下，可可豆需要从幼苗开始种植，因此，虽然种子是首选，但在很多情况下也是需要育苗的。
有一点很重要的是，要认识到当地的植被物种也可以成为联合体的合作对象。在胎盘期阶段，某些杂草会生长起来，那就可以作为生物量植物进行修剪。当然，随机的树木种子也会进入到农田里，通常情况下，这些种子可以被鸟类或其他野生动物策略性地种植，以完成系统的特定作用。无论是否随机种植，它们总是可以被移除的，但最好还是等着瞧吧！这些不经意间种植的树木可以增加多样性，并可能填补了农民无意中留下的空缺。一旦你确定树是有竞争性的，那么稍后把它移走，要比重新添加树进来容易得多。
