如何使用GEO2R

大家在使用R分析GEO数据时，由于对软件熟悉程度、网络等原因会遇到各种各样的问题，今天给大家介绍GEO官方出品的一站式GEO数据集分析工具——GEO2R。以GSE14520为例1.打开GEO官网（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)，进入GEO2R工具2.输入GEO号，选择注释平台这里我们选择GPL5713.定义分组，即“Define groups”，并选择各组样本注意对照组和实验组的先后顺序4.点击页面下方Top250，运行分析processing可能需要一定的时间你可以在Options选项卡中选择一个可选的P-value调整方法，然后回到GEO2R选项卡，单击[Top 250]以修改参数运行。5.查看并导出结果这样GEO数据集很轻松就分析好了贴上列的定义我们看一下top1，下图可见，tumor表达量明显低于 normal。注意“Define Groups”时先后顺序，若先tumor后norm ………………………………