Cell Research | 张强锋课题组开发基于细胞内RNA结构预测蛋白质-RNA动态相互作用的人工智能方法

责编 | 兮RNA结合蛋白 (RBP) 在转录、RNA代谢以及翻译过程中起重要的调控作用。CLIP实验技术作为RNA研究最重要的技术之一，可以解析RBP在整个转录组上的结合图谱，是系统理解一个RBP功能及其调控机制的基础。但CLIP实验费时费力，一次只能提供某一RBP在特定细胞环境下的RNA结合位点，而且对于实验材料要求较高，很多情况下不能顺利开展。然而研究发现，蛋白质和RNA的结合随着细胞环境的变化可能发生很大的改变，因而研究蛋白质对RNA的调控需要相同细胞环境的结合信息。这两方面因素加起来对使用CLIP研究蛋白质-RNA结合提出了很大的挑战。从计算角度来说，目前已有的预测RBP结合位点的方法，毫无例外都是基于RNA序列以及从序列出发预测的RNA结构。序列本身在不同细 ………………………………