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【Nucleic Acids Research】利用生成式深度学习模型设计蓝藻细菌的合成启动子

生信宝典  · 公众号  · 生物  · 2024-04-13 21:00
题目:Design of synthetic promoters for cyanobacteria with generative deep-learning model期刊:Nucleic Acids Research影响因子:19.16发表时间:2023.5.29原文作者:Euijin Seo, Yun-Nam Choi, Ye Rim Shin, Donghyuk Kim, Jeong Wook Lee作者单位:蔚山国立科学技术研究院、浦项科技大学摘   要   该研究提供了一个基于深度学习的一般框架,使用生成模型来设计和评估蓝藻的合成启动子,并通过无细胞转录试验验证生成的启动子序列是否可以起始转录。通过位置权重矩阵和k-mer分析,作者证实他们的模型从数据集中捕获了蓝藻启动子的有效特征。关键亚区鉴定分析一致揭示了蓝藻启动子中-10区序列基序的重要性。通过无细胞转录试验验证了生成的启动子序列可以有效地驱动转录。 主要内容    1、一种深度学习辅助合成启动子生成方案本研究旨在利用深度学习方法合成蓝藻启动子序列。整个 ………………………………

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