Cytoscape可视化物种分类树结构

Cytoscape可视化物种分类树结构前两天偶然看到了这样一张图，听群友说这是Cytoscape调出来的效果，就想试一试。折腾一番后，发现这个图的工作量貌似蛮大的。因此本篇就只是概括了一下大致的过程，包括如何准备输入数据，以及在Cytoscape可视化时大致上要点击哪些按钮等，并未仔细琢磨成品图。所以，下文略显粗糙，大家有兴趣就看吧……这其实是个物种分类树，代表的微生物分类。从高级分类水平（界，细菌和真菌）的根节点开始，依次往低分类层级（门纲目科属等）延伸，逐渐形成分支，末端节点应该是OTU或者种水平。因此，分支呈簇状展示，分支的颜色主要按门水平着色，将衍生自同一类门的微生物分支赋值相同的颜色。节点的大小应该对应了微生物的丰度 ………………………………