给你bam文件，你会画插入片段长度分布图吗？

欢迎关注”生信修炼手册”!对于ATAC文库而言，其插入片段的长度分布有着非常典型的规律，示意如下每200bp会存在一个峰，这个周期性波动反应的是核小体的个数。在ATAC_seq的数据分析中，会对插入片段长度分布进行可视化，观察其是否符合这样的周期性规律，一定程度可以反映文库构建的质量，那么如何在做这样一张分布图呢?比对之后我们会得到bam文件，画图所需的插入片段长度就需要从bam文件中提取，需要注意，这里的插入片段是文库中adapter之间的插入片段，即fragment， 需要和insert size区别开来。对于单端测序而言，只有bam文件是不够的，需要借助工具来预测fragment length, 这里就不展开了。对于双端测序而言，事情就变得简单了。bam文件的第9列直接存储了fragment l ………………………………