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TCGA神器-GEPIA再介绍

小张聊科研  · 公众号  · 科研  · 2019-01-18 13:09
之前也有不少文章对GEPIA做过有针对性的推荐，而本帖则主要将GEPIA的功能做一次全面的分析。GEPIA平台对TCGA数据的分析足以满足大部分处于科研金字塔底层的劳动人民的日常科研补图需求，那么GEPIA可以提供哪些直接可用的功能和图呢？1. 对选定癌种的差异基因分析汇总，并具体在每一条染色体表示。2. 对选定基因的表达量（基于TPM值）分析。选定癌种和阈值（log2FC和q-value）以及差异分析方法（ANOVA、LIMMA）以及纳入的样本（单纯肿瘤组织、还是肿瘤与配对正常组织，还是包含了除TCGA数据库外的GTEx数据汇总），就可以得到相应的各个癌种的表达图。这项功能特别适用于某个基因的pancancer分析。3. 对特定基因的特定癌种的正常组织对比肿瘤组织的表达分析。选定癌种 ………………………………

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