替代WGCNA？初试MEGENA分析

还记得上次跟大家分享的共表达网络构建新方法吗？记不得看过来：还用WGCNA做共表达？你凹凸了！也可看副推噢，对某些宝宝来说可能心有余而力不足，这不，今天代码都展示出来了，赶紧学习起来！提到共表达网络，大家用多了WGCNA，今天我们来试试用MEGENA来做共表达网络分析。首先自然是安装加载R包。if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("MEGENA")library(MEGENA)然后提前设置参数n.cores 2; # 要调用PCP的内核/线程数doPar # 是否要设置并行method = "pearson"; # 相关性计算方法 pearson or spearmanFDR.cutoff = 0.05; # 定义FDR阈值module.pval = 0.05; # 假定模块有意义的阈值。推荐的是0.05。hub.pval = 0.05; # 由 random tetrahedral networks得到的连接度有意义的阈值co ………………………………