专栏名称: 生信媛
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FindIT2介绍之integrate_ChIP_RNA module

生信媛  · 公众号  · 生物  · 2021-09-18 09:47
在上一篇介绍calcRP module的结尾,我提到了可以将calcRP_TFHit的输出结果作为integrate_ChIP_RNA函数的输入,从而来实现ChIP-seq和RNA-seq的整合。所以这篇文章我就来讲讲integrate_ChIP_RNA这个模块。integrate_ChIP_RNA模块只有一个同名的函数integrate_ChIP_RNA,其目的就是要将ChIP-seq和RNA-seq的数据整合起来,从而更准确地寻找到TF对应的靶基因。在我看来,ChIP-seq和RNA-seq的联合分析可以互相弥补两种组学寻找TF靶基因的优缺点。首先对于RNA-seq而言,我们通过TF KO/OE得到的RNA-seq的差异基因并不一定是TF的direct target。因为生物的互作网络是一个非常复杂的结构,你对其进行扰动,受到影响的不一定只有直接关联的靶基因,很多时候一些跟你TF关联较远的基因也会受到影响。反应到RNA-seq的结果上来



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