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挖掘PubMed数据库,获取报道的或推测新的基因调控关系

生信宝典  · 公众号  · 生物  · 2021-02-21 20:34
生信宝典之傻瓜式推出过基于Cytoscape的插件literature search进行文献挖掘查找指定基因调控网络的方。近来发现一款神奇的在线工具 (Chilibot, chip literature robot, http://chilibot.net/)可以完成同样的分析,而且看上去功能还更强大。结果展示采用两个关键词cocaine和plasticity (蓝色节点)配对搜索获得cocain治疗对可塑性的影响相关的一系列基因。基因的颜色代表表达值(绿色是上调,红色是下调)。连线上的数字代表这一关系的权重 (后面有计算方式)。点击每个点,可以查看对应的文献信息或针对该节点进行进一步分析。配对搜索如下做配对搜索,查看给定的基因、通路、疾病之间存在的互作。提交后,展示搜索进程和语义分析获得互作结果, 左侧是网络图,右侧是图例。图中的数字 ………………………………

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