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TBtools | 地球最友好的 GFF3/GTF 序列提取工具

生信石头  · 公众号  ·  · 2021-01-25 08:35
无论是Windows,MacOS, Linux桌面的用户,你都可以也会使用。写在前面伴随基因组测序的普及,越来越多物种的基因组测序项目开展并报道,为科研工作者提供了更为全面的参考序列信息。目前,单纯植物类已公布的基因组,应在400~500个物种之间。这带来了更多的数据,也带来了更多的信息分析挑战。物种基因组公布,往往(至少)会公布两个文件:物种基因组序列文件,如 genome.fa物种序列特征注释文件【或更常见的 基因结构注释信息文件】,如 genome.gff3 / genome.gtf对于具有编程基础或熟悉 Linux 操作系统的数据分析人员,往往可以通过编写脚本或使用诸如 gffreads 等命令行工具来进行序列提取【如:所有基因的 CDS 序列】。但对于可以从数据中受益的更多人而言,这并不是一个完美选项。三年前,TBtools 释放了 GTF/GFF3 Sequences Extract 功能,应为极少见的【 ………………………………

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