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学徒作业:给你8个甲基化探针, 你在tcga数据库进行任意探索

生信技能树  · 公众号  ·  · 2020-04-25 08:39
我喜欢把TCGA数据库的应用划分为8个领域:1、探索各类肿瘤不同临床特征(性别、年龄、种族、临床分期)的预后(生存曲线)2、探索各类肿瘤与对照的单个分子(mRNA,lncRNA,miRNA,甲基化,蛋白)水平的差异情况(箱线图)3、探索各类肿瘤与对照的全局(mRNA,lncRNA,miRNA,甲基化,蛋白)水平的差异情况(差异分析流程)4、探索各类肿瘤中两个分子(mRNA,lncRNA,miRNA,甲基化,蛋白)水平相关性(散点图)5、探索各类肿瘤中多个分子(mRNA,lncRNA,miRNA,甲基化,蛋白)水平总结(热图)6、探索各类肿瘤中单个分子(mRNA,lncRNA,miRNA,甲基化,蛋白)与所有其它分子相关性并且排序7、探索各类肿瘤中单个基因突变或者单个分子(mRNA,lncRNA,miRNA,甲基化,蛋白) ………………………………

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