今天看啥  ›  专栏  ›  生信石头

进化树Newick文本解析,小结。

生信石头  · 公众号  ·  · 2019-06-08 11:40
做进化相关分析的人,常常遇到各种问题。但其实问题常常只会有一类,那就是数据格式!毕竟,输入文件都报错,你还能有别的问题?进化分析相关的文件格式,或者某种格式,如Newick format的变化,可能就可以有无限种,以至于有人专门开发一个格式转换软件(已发表...名字我忘了)。这是一个优秀的操作。其从一定程度上解决了进化数据存储文件格式太多所带来的混乱,并提出了一个新的格式(从此,又增加了一种格式 [微笑脸])。推文下面,我以newick为示例,大概说一下这个问题的复杂情况。我并没有去测试那个格式转换软件,只知道,可能只有极少数(Mega不行,FigTree不行,Dedroscope不行,R语言的ape?肯定不行)以至于我也不知道的软件可能同时支持下面这些 ………………………………

原文地址:访问原文地址
快照地址: 访问文章快照