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从pheatmap无缝迁移至ComplexHeatmap

生信宝典  · 公众号  · 生物  · 2020-12-01 18:42
pheatmap是一个非常受欢迎的绘制热图的R包。ComplexHeatmap包即是受之启发而来。你可以发现Heatmap()函数中很多参数都与pheatmap()相同。在pheatmap的时代(请允许我这么说),pheatmap意思是pretty heatmap,但是随着时间推进,技术发展,各种新的数据出现,pretty is no more pretty,我们需要更加复杂和更有效率的热图可视化方法对庞大的数据进行快速并且有效的解读,因此我开发并且一直维护和改进着ComplexHeatmap包。为了使庞大并且“陈旧”的(对不起,我不应该这么说)pheatmap用户群能够迅速并且无痛的迁移至ComplexHeatmap,从2.5.2版本开始,我在ComplexHeatmap包中加入了一个pheatmap()函数,它涵盖了pheatmap::pheatmap()所有的功能,也就是说,它提供了和pheatmap::pheatmap()一模一样的参数,并且 ………………………………

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