Commun. Biol. | 湖南大学罗宵团队开发针对Nanopore R10 simplex 测序纠错工具

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纠错是三代测序数据分析的第一步。但现有的方法往往难以处理嘈杂的数据，或者是为 PacBio HiFi 等技术量身定制的。针对 Nanopore R10 simplex 读数进行优化的方法还存在空白，这种读数的错误率通常低于 2%。2024年12月19日，湖南大学生物学院罗宵教授和湖南大学信息科学与工程学院刘元盛副教授合作在Communications Biology 杂志在线发表题为“Repeat and haplotype aware error correction in nanopore sequencing reads with DeChat”的研究论文，该文章提出了 DeChat ， 这是一个基因组纠错工具，专为Nanopore R10 simplex reads 或错误率在2%左右的TGS数据设计 。它利用dBG（德布鲁因图）和MSA（变异感知多序列比对）的优势，创造出一种协同方法。这种方法可避免读数过度校正，确保保留重复序列和单倍型中的变异，同时准确校正测序错误。 工具链接：https://github.com/LuoGroup2023/DeChat 原文链接 ………………………………