PLUMED系列-安装教程

转载请联系，且保留链接PLUMED是许多分子动力学模拟包的插件，主要能进行MD的增强采样或者执行非常多的自由能计算方法。 可以使用诸如元动力学，伞形采样和基于 Jarzynski 方程的转向 MD 之类的现有技术来执行自由能计算作为许多次序参数的函数，特别关注生物学问题。模拟的高分文章很多运用了该工具。下载地址如下: https://drive.google.com/file/d/1iZNAMXLlZUDmit19uGJDXa6GJlqfd5ip/view快速安装如果你迫不及待的想练手，可以通过如下方法简单野蛮式安装:./configure --prefix=/usr/localmake -j 4make docmake install由于PLUMED需要分析额外的轨迹，同时运行Lennard-Jones 代码，所以需要对模拟的软件进行打补丁，简单的方法如下:cd /md/root/dirplumed patch -p当然还是建议按照下面的一步一步的来:推 ………………………………