小队列肿瘤外显子文章图表重现（纯R代码）

大家好，我们数据挖掘专栏前面一直带来的都是转录表达调控相关的知识点，这次我来给大家秀一下不一样的，肿瘤外显子，希望大家喜欢，转发点赞收藏打赏一条龙哈！TCGA数据辅助甲基化区域的功能研究 （上一期链接）悄悄告诉你，末尾还有彩蛋哈！文献：Genomic profiles of lung cancer associated with idiopathic pulmonary fibrosis在线链接：https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/path.4978发表期刊：The Journal of Pathology影响因子：5.942文章的概述是：35对配对的tumor/normal样本，OncoPanel version 2（OPv2）靶向捕获外显子测序，涉及505个基因然后用了GATK的 HaplotypeCaller和MuTect与GATK SomaticIndelocator 找 germline和somatic mutationssomatic mutations做了注释和过滤，拿到了significant genes和mutations signatures用了cnvkit ………………………………