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一文掌握GSEA,超详细教程!

生信宝典  · 公众号  · 生物  · 2021-02-23 19:59
生信宝典之前总结了一篇关于GSEA富集分析的推文——GSEA富集分析:从概念理解到界面实操,介绍了GSEA的定义、GSEA原理、GSEA分析、Leading-edge分析等,是全网最流行的原理+操作兼备教程,不太了解的朋友可以点击阅读先理解下概念 (为了完整性,下面也会摘录一部分)。GSEA案例解析介绍GSEA分析之前,我们先看一篇Cell文章(https://sci-hub.tw/10.1016/j.cell.2016.11.033)的一个插图 (SCI-HUB客户端(文献神器V4.0)——下载文献如此简单)。以下是文章原文对图的注解:GSEA analyses of genesets for cardiac (top) and endothelial/endocardial (bottom) development. NES, normalized enrichment score. FDR, false discovery rate. Positive and negative NES indicate higher and lower expression in iwt, respectively.关于文章中使用的GSEA分析方法和参数, ………………………………

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