「JCVI教程」如何基于物种的CDS的blast结果绘制点图(dotplot)

这是唐海宝老师GitHub上的JCVI工具的非官方说明书。该工具集的功能非常多，但是教程资料目前看起来并不多，因此为了能让更多人用上那么好用的工具，我就一边探索，一边写教程这一篇文章教大家如何利用JCVI里面的工具绘制点图，展现两个物种之间的共线性关系, 用到的工具就是jcvi.graphics.blastplot，但是前期整理数据稍微麻烦一些。在分析之前，你需要从PhytozomeV11 下载A.thaliana和Alyrata的CDS序列，保证文件夹里有如下内容Alyrata_384_v2.1.cds.fa.gz Athaliana_167_TAIR10.cds.fa.gzAlyrata_384_v2.1.gene.gff3.gz Athaliana_167_TAIR10.gene.gff3.gz我们在做CDS相互比对的时候只需要有每个基因最长的转录本即可，因此我用我写的一个脚本 get_the_longest_transcripts.py提取每个基因的最长转录本,见 基因组共 ………………………………