专栏名称: 生信媛
生信媛,从1人分享,到8人同行。坚持分享生信入门方法与课程,持续记录生信相关的分析pipeline, python和R在生物信息学中的利用。内容涵盖服务器使用、基因组转录组分析以及群体遗传。
今天看啥  ›  专栏  ›  生信媛

生信猿的Docker入门课1

生信媛  · 公众号  · 生物  · 2020-11-10 08:00
docker可以解决什么问题对于生信领域而言,docker最主要的用途如下:保证了生信分析的可重复性:软件版本更换,不同版本的软件可能会存在函数名字修改,而导致代码中断;不同软件版本依赖特定版本的库,依赖库的变化可能导致软件安装不上等。又或者新版本软件对函数进行了修改,导致结果略有不同,但不返回错误。例如,Python2默认执行整数除法,因此5/2将返回2。而Python 3默认执行浮点除法,因此相同的5/2命令现在返回2.5。这些都会导致其他人无法复现你的结果。Beaulieu-Jones, Brett K., and Casey S. Greene. “Reproducibility of Computational Workflows Is Automated Using Continuous Analysis.” Nature Biotechnology 35, no. 4 (April 2017): 342–46. https://doi.org/10.1038/nbt.3780.保证不同软件、不同软件版本 ………………………………

原文地址:访问原文地址
快照地址: 访问文章快照