一键完成比较基因组中的基因共线性分析

写在前面近年来，高通量测序费用持续走低。大多数课题组完全有经费可以支撑起自己所研究材料的基因组测序更或者可以非常容易地从网络上获取基因组序列与基因结构注释信息。于是会开始存在这样那样的，关于比较基因组的工作开展。其中最基本的操作，即是跑跑所谓的共线性分析。大体应用可见图：查看自己感兴趣的基因在物种演化过程中是否保守存在，还是发生过一些位置变换，这当然是最基本的应用。更多的，做共线性分析，主要是为了做核心演化等分析，更详细地去探明物种的演化过程和演化时间。于是，其实存在不下十个软件被开发并被使用，其中常见的是两个：MCscanX （或JCVI）i-ADHoRe事实上，这两个软件正好对应的是两个比较早就开始做基因组进化 ………………………………