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转录组分析工具哪家强?

生信宝典  · 公众号  · 生物  · 2017-08-04 15:28
本文是导读版,生信宝典公众号同一期还有完整翻译版RNA-seq分析工具知多少RNA-seq是研究转录组应用最广泛,也最重要的技术之一。RNAseq其分析内容包括序列比对、转录本拼装、表达定量、差异分析、融合基因检测、可变剪接、RNA编辑和突变检测等,具体流程和常用工具如下图所示。通常的分析不一定需要走完全部流程,按需进行,某些步骤可以跳过、简化等。RNA-seq分析工具最优组合Nature Communication上一篇文章 Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis对15个样品 (正常样品、癌细胞和干细胞,短读长和长读长)的转录组数据利用39个分析工具,120种常见组合方式进行的490次深入分析, 并以测序质量控制联盟(SEQC)的qPCR检测结果 ………………………………

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