MECAT2: 三代高效组装工具

对MECAT2感兴趣的话，或者在MECAT2使用时遇到了什么问题，可以加"MECAT和NECAT问题解决群", 群号是: 316859622MECAT2是三代测序数据PacBio的高效组装工具，是之前MECAT的改进版, 修复了之前的很多bug, 使用基于string graph的 fsa替换了之前的 mecat2canu。MECAT2由4个模块组成:mecat2pw: SMART reads快速和准确地配对比对工具mecat2ref: SMART reads的参考基因组比对工具mecat2cns: 基于配对的重叠对存在噪音的reads进行纠错fsa: 基于string graph的组装工具目前MECAT2只支持PacBio数据，对于Nanopore数据，肖老师他们开发了 NECAT安装MECAT2软件安装非常简单，不存在上一代MECAT的安装难问题了mkdir -p ~/opt/biosoftcd ~/opt/biosoftgit clone https://github.com/xiaochuanle/MECAT2.gitcd MECAT2make -j 4export PATH=~/opt/biosoft/MECAT2/Linux-amd64/bin:$PATH唯 ………………………………