点阵图 | 比较基因组分析之基石 - 手把手入门教程

写在前面前述，我们通过《安装 | 比较基因组系列之一 - WGDI 软件安装与配置》一文，带大伙安装和配置了我们 WGDI 软件。接下来，我们直切主题，从实例数据开始，手把手带大家进行比较基因组分析，并做具体结果解读。比较基因组学的分析工作常常都是从一张点图开始的。一张清晰的点图能反应出来非常多的信息。初探 WGDIWGDI 所有的分析，从一个配置文件开始。对于点阵图，我们可以通过运行wgdi -d ? >> total.conf进而查看配置文件模板cat total.conf[dotplot]blast = blast filegff1 = gff1 filegff2 = gff2 filelens1 = lens1 filelens2 = lens2 filegenome1_name = Genome1 namegenome2_name = Genome2 namemultiple = 1score = 100evalue = 1e-5repeat_number = 20position = orderblast_reverse = falseancestor_left = noneancestor_top = nonemarkersize = 0.5figsize = 10,10savefig = savefile(.png,.pdf)下面，逐个参数给大家解读。blast = blast file， ………………………………