生物信息学100个基础问题 —— 第12题 trim与cutadapt 先用哪个？

Hello大家好！我们又见面了！上一次我们说到了cutadapt软件的使用问题，其中我们着重强调了1个参数-m，不知道大家还有没有印象。今天我们问题就是要使用-m参数和另一个工具联合的一个妙用。不过在这之前，我们还得先介绍1个工具箱叫fastx_toolkit.fastx_toolkit是一个系列内容的软件包，其中主要的内容是对比对前的fastq文件做质控。比如切掉一些不要的内容（fastx_trimmer），比如FASTQ与FASTA格式的转换（fastq_to_fasta），比如分单链测序的index（fastx_barcode_splitter）等等。我们今天主要是给大家说一下fastx_trimmer的用处。fastx_trimmer主要是切掉一些fastq中你不想要的序列，比如有些序列5'端有若干bp的质量不好的或者碱基不稳定的部分；或者是5'端有一些用来去重复（duplicate）的random barcode（如图1所示）；还可能是3'端一些质量不好的碱基。图1 前面10bp序列含有ran ………………………………