FastSpar | 用更快的 SparCC 进行微生物组相关性分析

对于 OTU 矩阵这样稀疏的组成数据，我们往往会用专门的统计方法来计算其相关性，进行网络分析，一般最常用的就是 SparCC，但其性能限制了高维数据集交互网络的计算。FastSpar 在 SparCC 算法的基础上进行改进，用 C++ 将算法重写，使其更为高效且支持并行运算。与 SparCC 相比，FastSpar 的运算结果几乎相同，同时可将计算时间减少 2-3 个数量级，并且占用内存更少。GitHub 地址：https://github.com/scwatts/FastSpar软件安装FastSpar 可以通过预编译的二进制文件，Bioconda 或从源代码安装。GNU/Linux对于大多数 64 位 linux 发行版（例如 Ubuntu，Debian，RedHat 等），使用 FastSpar最简单方法就是直接下载二进制文件。Biocondaconda install -c bioconda -c conda-forge fastspar从源码编译依赖：C++11 (gcc-4.9.0+ ………………………………