环状RNA研究有哪些好用的数据库

在芯片测序类文章能发几分一文中，我们分析了17年的芯片测序类文章的整体情况，结果表明circRNA的文章还是蛮坚挺的。目前circRNA可用的数据库同它的相关文章一样还比较少，今天给大家扒一扒circRNA有哪些好用的数据库。在circBase（http://www.circbase.org/cgi-bin/listsearch.cgi）中，我们可以通过circRNA名称（hsa_circ_0010153），转录本名称（NM_133494），染色体定位（chr1:12359258-12382803）检索circRNA的信息（序列，定位，gene_symbol等信息），你也可以直接检索mRNA相关（TP53）或是生物学过程相关（apoptosis）的circRNA。circBase有blat功能可以进行序列比对，用于了解基因的物种保守性，不过物种较少推荐使用UCSC（http://genome.ucsc.edu/）的blat功能其实circBase的序列信息还是源于UCSC但是在UCSC中直接 ………………………………