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Cytoscape: MCODE增强包的网络模块化分析,核心菌群,环境因子

生信宝典  · 公众号  · 生物  · 2020-03-27 08:20
前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析 (ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析 (重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述))、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘(典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、火山图、功能富集)等内容。之前的教程提供了Cytoscape基础和视频、R igraph包的网络构建方法,那么在我们得到network图之后,还可以进行深一步分析,今天给大家带来基于Cytoscape软件下MCODE增强包的模块化分析。首先我们需要下载Cytoscape的增强包MCODE,在Cytoscape官网或者软件的APP里都能找到。下载好后,我们可以打开一个现有 ………………………………

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