收藏|免疫浸润分析方法大全

通过发挥促肿瘤作用和抗肿瘤作用，浸润肿瘤的免疫细胞可以深刻影响肿瘤的进展以及抗癌治疗的成功。因此，肿瘤浸润免疫细胞的量化有望揭示免疫系统在人类癌症中的多方面作用，并参与肿瘤逃逸机制和对治疗的反应。我们可以使用生物信息学方法从人肿瘤的RNA测序数据中量化肿瘤浸润的免疫细胞。这里小编就来从不同的方面介绍几种从转录组学数据量化免疫细胞的计算方法。一、基于标记基因的肿瘤浸润免疫细胞量化方法1.TIminerTIminer（http://icbi.i-med.ac.at/software/timiner/timiner.shtml）是一种用户友好的计算框架，可以执行不同的肿瘤免疫基因组分析，包括：人白细胞抗原（HLA）分型，新抗原预测，肿瘤免疫原性的确定以及基于三种不同的免疫基因集概要，用GSEAP对肿 ………………………………