基因集的转录因子富集分析

一般来说，大家拿到了感兴趣的基因集后，通常是做超几何分布检验看看富集到了什么生物学功能数据库，比如KEGG或者GO数据库，或者走gsea/gsva这样的富集分析，也是注释生物学功能数据库。大家读我的表达芯片的公共数据库挖掘系列推文应该是够多了：解读GEO数据存放规律及下载，一文就够解读SRA数据库规律一文就够从GEO数据库下载得到表达矩阵 一文就够GSEA分析一文就够（单机版+R语言版）根据分组信息做差异分析- 这个一文不够的差异分析得到的结果注释一文就够最近看到，单细胞领域有一个分析，可能是可以迁移到大家的常规表达量矩阵分析里面，就是最好拿到了基因集后：使用RcisTarget包进行转录因子富集分析下载及安装就不多说了 ，加载好RcisTarget包后，可以查看其详细的文档：# Explore tutorials in the web browser:browseVignettes(package="RcisTarge ………………………………