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哈佛大学单细胞课程|笔记汇总 (九)

生信宝典  · 公众号  · 生物  · 2020-11-23 14:32
哈佛大学单细胞课程|笔记汇总 (七)哈佛大学单细胞课程|笔记汇总 (八)(九)Single-cell RNA-seq marker identification对于上面提到的3个问题,我们可以使用Seurat探索3种不同类型的标记识别来解答。每种都有自己的优点和缺点:识别每个cluster的markers:此分析将每个cluster与所有其他cluster进行比较,并输出差异表达/存在的基因。可用于识别未知cluster并提高对假定细胞类型的信心鉴定每个cluster的保守markers:如果使用的单细胞数据来源于不同的样品(如对照、处理,健康和疾病,每个算一种条件),该分析首先寻找在各个条件下不同簇之间差异表达/存在的基因,然后报告所有条件下的簇之间总体差异表达/存在的基因。这些基因可以帮助找出clusters的身份。在不止一种条件下 ………………………………

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