RODEO-手把手教你使用基因组挖掘工具

1. RODEO是什么RODEO(Rapid ORF Description and Evaluation Online)是一种利用特定算法，预测目标蛋白上下游的局部基因组序列的工具，常用于核糖体肽(RiPP)的挖掘。目前该工具可选的打分模型有：四种(I−IV)羊毛硫肽、Graspetide、套索肽、Linaridin、Pyritide以及Sactipeptide/Ranthipeptide。RODEO使用目标蛋白质的序列号（Accession numbers，可从NCBI获取）作为输入，然后下载目标蛋白所在基因组区域上下游指定距离内的序列，并分析附近其他蛋白质序列与已表征蛋白家族的同源性。根据分析结果预测目标蛋白所在的局部基因组序列是否是可能的核糖体肽基因簇。此外，那些在 GenBank 中可能没有注释的小肽会按所有可能的阅读框被翻译出来。RODEO背后的理念是：通过快速评估某基因的邻域信息，生物合成基因可以被识别。并且预测出的特性可以用来指导RiPP的分离和结构预测。其 ………………………………