NC | 农科院基因组所阮珏团队开发快速基因组单体型重建算法KSNP

“ 2024年4月11日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心）阮珏课题组联合鹏城实验室周倩、哈尔滨工业大学刘贤明课题组、深圳大学朱泽轩课题组，在《Nature Communications》上发表了题为“KSNP: a fast de Bruijn graph-based haplotyping tool approaching data-in time cost”的研究论文，开发出基于德布鲁因图（de Bruijn graph，DBG）的单体型重建新算法，该算法首次将DBG用于单体型组装，极大提高了单体型重建的速度，比现有方法提速5-10倍。该成果提供了杂合基因组分型与组装领域的理论创新以及高效的实用工具。”动植物基因组通常包含来自两个亲本的多套染色体。为更好理解基因组序列与表型间关系，需考虑遗传变异位点的连锁遗传，即单体型信息。单体型信息代表了群体中的遗传多样性，并在群体基因组学研究中 ………………………………