Genome Biology综述 | 李婧翌团队讨论有关处理单细胞数据中零计数的争议

单细胞测序技术被广泛应用于量化个体细胞的转录组多样性。单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）技术主要有两种类型：(1) 只测RNA分子末端（tag-based）且使用独特分子标记（UMI）的技术，例如 Drop-seq【1】和 10x Genomics Chromium【2】和 (2) 测RNA分子全长（full-length）且不使用UMI（non-UMI）技术，例如Smart-seq2【3】和Fluidigm C1【4】。单细胞数据具有严重的稀疏性：每个细胞中绝大部分基因的表达值被计数为零，该比例甚至可以高达 90%。这样的稀疏性对于数据分析带来了挑战，也引发了争议。不同的研究人员以不同的方式看待单细胞数据中的大量零计数：有些研究者认为零计数代表生物信号（即基因没有表达或低表达），而另一些研究者则认为是零计数是需要被纠正的缺失数据（missing data ………………………………