感恩教师节特稿：三大肿瘤工具MuTect2/strelka/varscan2比较

  教师节感恩礼学生对老师的最好礼物就是“好好学习，天天向上”。值此佳节，奉上一篇重量级的文章，以飨读者，感恩老师，感谢粉丝的支持！ 引子肿瘤基因组数据分析是当今精准医学的最大市场，肿瘤分析工具也是相当的多，这里我们挑选3款比较主流的工具，如果华山论剑，那谁能夺冠呢？  话不多说，实力说话。 全基因组肿瘤数据分析2015年naturecommunication（IF=12）有篇文章做了全基因组肿瘤数据分析工具的深入比较，题目：A comprehensive assessment of somatic mutation detection in cancerusing whole-genome sequencing. 图1  肿瘤对照分析SNV比较 图2  肿瘤对照分析indel比较注：F1= F1 score; P= precision; R=recall; TP=truepositives; FP=false positive; FN=false negtive. 在解读图1和图2之前，我们 ………………………………