二传 | David Baker从头设计纳米抗体

前天（2024.3.18），David Baker课题组上线了一篇预印本论文《原子精度从头设计单结构域抗体》—— 它来了！预印本：https://doi.org/10.1101/2024.03.14.585103单结构域抗体single-domain antibody (sdAb)，又称纳米抗体nanobody (Nb)，或VHH抗体。本文做了什么精调RFdiffusion网络；精调RoseTTAFold2（RF2）网络；针对若干抗原，从头设计抗体的可变重链variable heavy chain（VHH），使之可以结合用户选定的表位，并做生化表征；利用冷冻电镜解析一种设计出的流感病毒血凝素的VHH的结构。精调RFdiffusion的原因原始版本的RFdiffusion设计结合蛋白几乎完全依赖与目标表位相互作用的二级结构（螺旋或β片段），因此无法准确从头设计抗体，需要精调。下图（Extended Fig. 1）显示了原始版RFdiffusion和精调版RFdiffusion的比较，可见本工作精调过的RFdiffusion在抗体设计的效果上远胜原始版RFdiffusion。 ………………………………