circRNA芯片分析的一般流程

虽然我一直讲解的GEO数据挖掘，都是基于mRNA这样的表达芯片，但实际上miRNA，lncRNA，甚至circRNA芯片也是大同小异的分析流程。所以，如果你确实是第一次接触circRNA芯片数据，完全不用担心， 你只需要把它看作是你不知道基因名字的mRNA芯片，最后得到的各种各样的分析结果，只不过是以circRNA的ID来表示而已。比如：中南大学湘雅二医院陈林老师实验室通过Arraystar circRNA芯片发现一种调控口腔鳞状细胞癌发生发展的circRNA分子—circRNA_100290。就是分析OSCC及NCMT样本，分析circRNA表达谱，发现共有280个circRNA表达发生显著表达，其中139个circRNA上调，141个circRNA下调，从上调最显著的10个circRNA中选出circRNA_100290， q-PCR验证circRNA_100290确实在OSCC组织中表达显著上调。曹雪涛院士课题组 ………………………………