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[原创]你的数据也可以-两篇NAR的数据库

生信宝典  · 公众号  · 生物  · 2020-02-28 09:40

生物信息分析离不开数据资源和数据库,生物信息学数据库分类概览 (第一版)系统梳理了常用功能数据库。


下面再分析2个NAR发表的新数据库,以飨读者。


中医药方剂的数据库,收录方剂、药材、靶点、疾病、通路等信息,

网站古色古香,设计精美,交互探索,网络大气,

高颜值是很好的敲门砖,

于2018年发表于NAR杂志。



表格展示太枯燥,关键信息交互式饼图展示,查看,点击筛选~~



现在数据库升级第二版,更多功能,更多展示 (网络图比下面这个更漂亮,更有生物意义,更有交互性,只是暂时还不能释放 o(╥﹏╥)o)。



另一个是`Prophage hunter`,在细菌基因组中寻找活性噬菌体。

页面极简,但设计精良,定制基因组浏览器交互,

于2019年发表于NAR杂志。



表格和基因组浏览器的双向控制



做的更多的还是分子数据的展示,如转录组相关数据的展示。

首先展示下首页,专业设计师私人定制,可以传统,可以现代;可以功能为主,也可以轮播酷炫。

  • 首页搜索框全局搜索,类似谷歌,输入基因名、通路名、功能关键词皆可搜索。

  • 小轮播展示网站可做的分析和结果展示,差异基因富集全套,还是交互式的。

  • 四个饼图联动展示数据库收录的样品和属性信息,高端大气显内涵。


那搜索一下,都展示哪些信息?

基因,别名,公共数据库链接,功能注释,表达分布,PPI网络,共表达网络,想放啥放啥!



一个基因嫌少,来绘制一组基因的表达谱,修饰谱;同时展示甲基化修饰与基因表达的关系。


图就不展示了,绝对心中所想!


搜索太简单了(其实功能很强大),可否更多条件搜索?


多组学如何展示?基因组浏览器可否嵌入?

基因组浏览器是多组学的展示利器,更多见:

ChIP类数据同时展示IPInput样品丰度 (这个双峰图可拆可合)和peak信息,见下图。

展示同源物种,也可以~



更多在线功能,样品聚类、筛选、差异基因(样品特异性基因)、功能富集 (一个小的云平台出来了)


更多交互式图,染色体图谱、饼图、箱线图、交互式表


数据库收录样本信息更多互动展示



这也是一个主页风格,随您定制。



更多地图展示


时间轴变化来一个



访问量统计页来一个 (这是高颜值可定制在线绘图工具-第三版的用户访问,总访问量近10万,给您做个友情链接,也能推广带动访问)


以上列出一部分,更多数据库还在建设中,发表后慢慢释放,更多展示和需求也等您提出。


如果您也有建设的需求,欢迎联系我们。


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