专栏名称: 生信媛
生信媛,从1人分享,到8人同行。坚持分享生信入门方法与课程,持续记录生信相关的分析pipeline, python和R在生物信息学中的利用。内容涵盖服务器使用、基因组转录组分析以及群体遗传。
今天看啥  ›  专栏  ›  生信媛

「学转录组入门生信」第二周来获取表达量矩阵

生信媛  · 公众号  · 生物  · 2019-07-15 13:46
我们第二周目标有四个:整理数据RNA-seq格式了解数据质控数据比对read定量首先,我们得要知道我们在转录组分析过程中会遇到很多格式,建议先通过搜索查找了解这些格式是什么fasta/fas/fagtf/gffbedsam/bamcsv/tsv/txt接着,我们会在分析过程中时刻检查我们的数据质量,所以你要尝试回答下面这几个问题数据质控要在哪个阶段做不同阶段要看什么标准质控有哪些软件之后,我们要将我们的二代测序结果和参考基因组/转录组进行比对,建议将比对结果用IGV进行查看转录组比对和基因组比对的区别比对有哪些工具什么要建立索引比对结果中存放着每个read的位置信息,我们就可以根据位置信息来计算每个转录本的表达量read定量有哪些工具read定量分为哪几种水平对于初学者而言,推 ………………………………

原文地址:访问原文地址
快照地址: 访问文章快照