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利用NetworkAnalyst进行可视化分析

翾格格  · 简书  ·  · 2021-03-24 12:59

前面已经介绍过NetworkAnalyst在线分析工具,今天继续不厌其烦的再唠叨它,今日主题是利用NetworkAnalyst进行可视化分析。

第一次介绍NetworkAnalyst在线分析工具时,我们说过其有五个功能模块,它的分析overview中包含两块,“Network Mapping”和“Visual Analytics”。在此,我们今天就谈一谈“Visual Analytics”,如何利用NetworkAnalyst绘制火山图和热图。

第一步:选择我们的“example data”,这里我们选择“Estrogen”。依旧按照前文我们介绍过的,上传相应数据,然后质检。再“proceed”。


第二步:看质检结果,观察有无进行归一化处理。我们发现我们示例数据已经经过log2处理,就继续“proceed”吧。如果没有经过log2归一化处理,则需要在“normalization”中选择log 2 transformation。



然后点击“submit”,这里你可以进一步观察你的数据有无归一化。继续选择“proceed”,然后你可以选择筛选条件,这里我们选择p<0.05,log2FC为2。这里可以看到我们这里存在差异基因2134个。继续“proceed”,接下来我们要到我们这节重点,可视化分析。


选择“visual analytics”,可以选择火山图和热图。差异基因热图选择“ORA Heatmaps”,全局分析热图选择“GSEA Heatmaps”。这次我们选择“ORA Heatmaps”。


点击“proceed”,跳出来热图,上面工具栏可以选择分辨率,颜色,边框及聚类基因(建议选择adjusted P value),聚类样本(一般不选择)等。左侧热图是所有基因热图概览。中间区域为焦点视图,右侧则是富集分析。


同样回到“analysis overview”,选择火山图按钮。我们在这个界面下载svg格式火山图


鼠标移动到相应的点,左下角可以观察相应基因的信息。


好了,今天就对NetworkAnalyst在线工具进行差异基因可视化分析描述,谢谢观看。




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