微生物扩增子分析流程——聚类OTU和物种注释

“上期我们已经介绍了如何对测序下机数据进行拼接，过滤低质量，嵌合体，以及去接头等详细的操作步骤，基于上期质控后的clean序列，本期我们将介绍微生物分析流程的聚类OTU和物种注释模块。通常情况下，两端reads拼接后得到的序列数目远大于环境中物种数目，为了能够从各层级物种水平分析物种的种类和丰度，需要对序列进行聚类和注释。1数据及软件准备上期去除嵌合体后的序列seqs.nonchimeras.fna文件作为这里的输入文件，并重新命名为sample.fa；参考序列为Greengene的参考序列97_otus.fasta和物种分类注释97_otu_taxonomy.txt;安装Qiime软件；2操作步骤OTU聚类通过设定一个阈值，将相同或者相似的序列归为一个OTU；使用Qiime软件里的pick_otus.py，并选择默认算法uclust，相似 ………………………………