Nat Methods | 何川团队开发RNA结合蛋白结合位点原位逆转录测序分析的新方法

iNatureRNA结合蛋白(RBPs)通过与RNA靶点动态相互作用来调节多种细胞过程。然而，仍然缺乏有效的方法来捕获RBPs与其RNA靶点之间的稳定和瞬时相互作用，特别是当相互作用是动态的或样品有限时。2024年1月10日，芝加哥大学何川团队在Nature Methods 在线发表题为“Profiling of RNA-binding protein binding sites by in situ reverse transcription-based sequencing”的研究论文，该研究提出了一种基于逆转录的RBP结合位点测序(ARTR-seq)的检测方法，该方法依赖于抗体引导下RBP结合RNA的原位逆转录来识别RBP结合位点。ARTR-seq避免了紫外线交联和免疫沉淀，允许从少至20个细胞或组织切片中高效和特异性地鉴定RBP结合位点。利用快速甲醛固定的优势，ARTR-seq能够在短时间内捕获RBP的动态RNA结合，正如在短至10分钟的时间范围内对应力颗粒组装过程中G3BP1的动态RNA结合的分析所证明的那样。RBPs ………………………………