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XMLtoPairwise | 又多一个BLAST结果解析器

生信石头  · 公众号  ·  · 2020-12-06 21:57
写在前面前两天,推了一篇《简洁 | 优雅地整理 BLAST 比对结果》。其中我大体介绍了四种 BLAST 常用格式:PairwiseASNXMLTable同时也推荐 TBtools 用户做 BLAST 的时候,使用 XML 格式输出。这样可以使用 TBtools 自开发的数据 BLAST 结果可视化功能。但文中也有提及,如果我们只是进行一两个序列的 BLAST ,同时关注比对细节,那么最好是用 Pairwise 格式输出 。于是这就存在矛盾。一方面建议 TBtools 用户用 XML 输出,另一方面我们不时也想要 Pairwise 格式输出。咋办?用了用,我还是觉得不爽。换句话说,鱼与熊掌,成年人不是全部都要吗?尽管我不清楚到底有没有 BLAST XML 格式转换为 Pairwise 格式的软件 / 脚本。只是。。。这似乎也没啥关系,管他有没有,只要我们想要,那么写出来 ………………………………

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