在这个常规RNA测序价格已经到了700甚至500的时代,几乎人手一套RNA测序的数据,但大家真的把RNA测序的数据用充分了吗?首先说一下大家对于RNA测序的“常规”分析:1)根据分组情况比较获取显著差异基因;2)对差异基因进行功能富集,展示KEGG pathway和GO条目;3)蛋白互作网络,鉴定Hub gene;4)通过GSEA计算实验组与对照组的富集通路,并与2) 进行比较,挑选实验组的重要通路;5)从显著差异基因进行分析,比如富集关键转录因子,建立转录因子-靶基因调控网络;6)如果样本量比较多,还可以做WGCNA分析,鉴定特征关键基因模块,从中挑选分子;7)从显著差异基因中,挑选与实验有关的新基因,下一步开展功能实验;8)如果大家关注lncRNA,一般做lncRNA-miRNA-mRNA网络,即最常见的ceRNA网络。我们之所以将其定义为“常规”分析,主要的原因在于:
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