太愁了！这个分析需要哪种数据？原始count？标准化？抽平？FPKM？TPM？

哪一步分析用哪种格式的数据？用什么方法处理过的数据？做PCA是不是要用原始Count？抽平的数据和原始Count什么区别？....选择什么数据，好像比选美都难...我们自己学的时候总会有这些关于数据使用的疑问现在每天也在接受各种这样的询问怎么处理？之前，关于怎么拿到合适格式的数据，如基因在行，样品在列？还是样品在行，基因在列？我们整理了下面这个文章我是不会运行你的代码吗？不，我是不会导入自己的数据!应该是搞明白了！再进一步，这个表格里的数据是需要做过什么处理的，又成了问题。下面两张PPT给出一个不失一般性的原则，可供参考！不同样本之间比较时，如果用的程序不能自己做数据在样本间的标准化，那一定要提供标准化后的数据！澄清一个疑问：DESeq2/edgeR做差异分析时是只能两组之间比较，但不是说DESeq2/edgeR不能对所 ………………………………