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生信媛,从1人分享,到8人同行。坚持分享生信入门方法与课程,持续记录生信相关的分析pipeline, python和R在生物信息学中的利用。内容涵盖服务器使用、基因组转录组分析以及群体遗传。
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生信媛
双亲+F1子代群体如何做QTL定位?试试OutcrossSeq吧
生信媛
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生物
· 2021-01-21 10:16
在上一篇推文中跟大家提到会更新软件的具体使用方法,我现在来还债。我会把一些可能会踩到的小坑和参数确定方式在文中介绍一下。PS:应该不会有比这个更具体,更完整的教程了,如果有,肯定也是我后续更新的,毕竟我代表官方:stuck_out_tongue_closed_eyes:(这是个emoji表情,钟爱颜文字!如果无法显示,我特意给你截图了)适用群体双亲+F1子代群体(上次的推文中和Double-Cross搞反了,感谢评论区的小伙伴指出,见谅见谅) 主要用到的还是二倍体树木类的群体比较多。子代群体的数量当然越多越好,群体越大效果越好,但是对于树木类群体构建比较困难,有个两三百个材料也够了。测序数据要求亲本和子代测序深度:双亲:50-100× 子代:1-5× (当然不设上限)「必须 ………………………………
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