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[原创]又双叒叕,高级转录组分析和R数据可视化第十一期(2020.2,课程推迟,可先报名,时间另行告知)

生信宝典  · 公众号  · 生物  · 2020-02-24 09:20

封面来源:https://www.zhihu.com/question/304747766


常规转录组是我们最常接触到的一种高通量测序数据类型,其实验方法成熟,花费较低,是大部分CNS必备的技术,以后应该就如做个PCR一样常见。而且分析思路简洁清晰,是入门生信,学习生信分析思路和数据可视化的首选。

数据分析是相通的,通过一个简单的课程理解其中的原理,就可以推而广之,延伸到其它类型的数据分析,如扩增子宏基因组单细胞等。


期 高级转录组分析和R数据可视化于2020-02-28 到 2020-03-01北京鼓楼开班因疫情时间推迟,可先报名,具体时间待定,一般为每周的周五、六、日,将系统讲述基于和不基于比对的转录组分析流程,从原始数据到表达矩阵、差异基因、可变剪接、富集分析、加权共表达网络、通路分析、可视化绘图等一系列常见操作,理论和实践兼备。

课程大纲

每节课1小时一个主题,理论结合实战,学懂原理,实战实操,全是老司机多年经验和代码的无私分享。下面是课程安排,如11代表第一天第一节课,26代表第二天第六节课,41为两周后的线上集中视频答疑。

编号内容简介
01预习Linux基础预付后提供学习视频
02预习R基础预付后提供学习视频
03软件安装预付后提供安装视频
11转录组概述转录组设计、应用、批次效应等
12转录组分析流程简介基于/不基于比对的分析流程讲演
13Salmon定量实战不基于比对直接定量基因和转录本的表达
14差异基因分析DESeq2多组差异基因分析和结果可视化
15GO富集分析和可视化泡泡图、热图、网图
16GSEA富集分析和可视化分组和时间序列GSEA
21二代三代测序原理介绍建库测序过程及注意事项
22R基础数据读写、处理、转换
23R数据可视化常见图形绘制实战
24Linux基础详细解释Linux代码和文件格式转换
25转录组环境配置Linux下软件安装、配置
26文章常见图表解读Illustrator制作CNS标准图版
31可变剪接分析STAR,StringTie,rMATS,IGV
32可变剪接分析STAR,StringTie,rMATS,IGV
33WGCNA基因加权共表达网络分析和性状关联
34Cytoscape绘制共表达网络和调控通路网络图
35每人一个问题环节自评学习效果、知识点回顾
41答疑-线上答疑、考试内容串讲


该课程为第11期,整个过程都比较成熟,可以在最短时间学习最多知识。

往期评价


教程内容简介如下:

转录组的应用、设计和案例分享

  1. 转录组学研究技术介绍

  2. 转录组学实验设计和测序原则、注意事项

  3. 二代、三代测序过程和原理解析

  4. 转录组学文章案例分析

  5. 在线基因表达资源数据库

转录组分析流程实战

  1. 转录组分析流程评估

  2. 测序数据质量评估和清洗

  3. 不基于比对的差异基因分析

  4. 基于比对的差异基因分析

  5. 转录本组装和选择性剪接分析

  6. 目标基因GSEA/GO富集分析

转录组高级分析

  1. WGCNA基因共表达分析

  2. WGCNA基因、表型关联分析

  3. Cytoscape 共表达网络绘制

  4. 转录组常见图形在线绘制

  5. KEGG/Reactome通路图绘制,表达映射

  6. 基因互作的文献挖掘和数据库挖掘展示


常见图表解读和图形编辑排版

在培训上,结合发表高水平文章,进一步讲解16种常用分析图的原理和使用范围,让你不仅读懂图,更知道如何应用于自己的研究,并亲自轻松完成绘图。

针对大家使用R语言绘图学习时间成本较高的问题,易生信团队针对常用16种图开发了免费绘图网站,一键出图,更可鼠标点选参数修改图形的个性样式。

成果发表是科研过程中不可缺的一部分,发表成果又少不了图形展示。文章图表排版是否整齐规范、协调一致、重点突出对一篇文章的发表也是有不少贡献的。之前推出的文章发表图的修改和排版讲演了部分图形编辑和排版操作,本次培训也会实践从原始图形、到细节修饰再到排版发表的整个过程和注意事项。基因组浏览器用于多组学数据的可视化和关联分析,本地有IGV,在线有UCSC genome BrowserEpigenomebrowser,各有特色。

生信基础知识

  1. Linux/Windows下Rstudio和Linux命令的使用

  2. Linux/Windows下转录组分析流程的搭建

生物学家必要掌握的ShellR语言基础知识。

(如果基础薄弱,报名付款成功后,可免费领取基础程序课,做好准备工作, 让程序成为我们的得力工具而不是学习新知识的绊脚石。)


定制内容

如果您看到文章中有哪些图或分析工作需要重现,也请提出,一起讲述。

如果您有其它关注的问题,也请报名时提出,把这次课程变成您的定制讲解

  1. 120分的转录组试题(第一份答案)

  2. 120分的转录组试题(第二份答案)

  3. 120分的转录组试题(第三份答案)

授课模式

本课程以讲解流程和实际操作为主,采用独创四段式教学,封装好的代码全部分享,随处可用:

  • 第一阶段 3天集中授课;

  • 第二阶段 自行练习2周;

  • 第三阶段 在线直播答疑;

  • 第四阶段 培训视频继续学习;

  • 实现教-练-答-用四个环节的统一协调。

培训时间

2020-02-28 到 2020-03-01 (线下讲解实战)(因疫情时间推迟,可先报名,具体时间待定,一般为每周的周五、六、日
每天早9点到晚6点,半封闭式教学 (最后1小时为集中讨论时间,最后一天会稍微提前一些,多留出时间讨论,也方便老师乘车返回)
报到时间:开课当天

授课地点 (暂定,鼓楼附近)

北京市西城区鼓楼附近(鼓楼地铁站周边1公里)。

课程价格

  1. 开课两周前报名 4500 元/人 (报名官网查看更多优惠)

  2. 名额有限,每次课程报名满40人后自动关闭报名通道

  3. 提供易汉博基因科技实习机会或工作机会


课程福利

  1. 座位按报名并缴费或预付款成功顺序从前到后龙摆尾式排序

  2. 赠送价值99元程序基础课一份 (http://bioinfo.ke.qq.com)

  3. 多人 (N,10>N>1) 组团报名并同时缴费,每人还可减免N-1百元 (最高500)

  4. 赠送金士顿U盘一个(32G含培训数据和脚本)

  5. 附推荐与分享对应的招生信息到朋友圈,截图发到train@ehbio.com 可获得200元生信宝典腾讯课堂课程优惠券(可拆分供多个课程使用)

  6. 易生信同时推出多门相关课程,连报优惠——同时选2门课,95折;三门课9折,4门及以上85折。还可与团购同时优惠!扩增子(项目初探)+宏基因组(高精尖),祝你分析水平更上一层楼。

  7. 免费获得价值3998元的线下课程录屏(有效期一年)

复制以下链接
http://www.ehbio.com/Training/ 或
点击阅读原文跳转报名页

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