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目的基因筛选过程,这篇生信文章告诉你

小张聊科研  · 公众号  · 科研  · 2023-05-21 12:00
今天给大家带来的这篇文章2022年发表在Am J Cancer Res上:PYCR1 regulates glutamine metabolism to construct an immunosuppressive microenvironment for the progression of clear cell renal cell carcinoma。Am J Cancer Res影响因子5.942,JCR Q2,中科院三区(医学)。代谢重编程对于肿瘤微环境(TME)的建立至关重要。谷氨酰胺已成为癌症代谢研究的重点,但其在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中的作用尚不明确。文章探讨谷氨酰胺在ccRCC中的调控机制及其对预后的价值,研究的主要内容包括:TCGA和GEO数据库提取RCC患者的转录组测序数据和临床资料:Wilcoxon test和Limma算法筛选肿瘤组织和正常组织之间差异表达的谷氨酰胺代谢基因(GMGs);Kaplan-Meier生存分析;Consensus clustering寻找谷氨酰胺代谢相关的差异表达基因(DEGs)对ccRCC样本进行分型;GSVA和GSEA进行DEGs功能分析;ssGSEA和ESTIMATE评估两组免疫细胞 ………………………………

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